ഗ്യാനേഷ് കുമാർ രാജിവയ്ക്കുന്നതിന് സംസ്ഥാനത്ത് വ്യാപക പ്രതിഷേധം ആരംഭിച്ചു. വെൽഫെയർ പാർട്ടിയിൽ നിന്നുള്ള പ്രതിഷേധ പ്രസ്താവന നൽകിയതിന് പിന്നാലെ പ്രതിഷേധ സമരം ആരംഭിച്ചു. പ്രതിഷേധത്തിന് പിന്നില്‍ എസ്ഐആറിന്റെ പ്രവർത്തനങ്ങൾ പ്രധാന കാരണമായി പറയുന്നു. പ്രതിഷേധത്തിന്റെ പ്രധാന കാരണം എസ്ഐആറിന്റെ ഹിന്ദു രാഷ്ട്ര നിർമാണ പദ്ധതിയായിരുന്നു. പ്രതിഷേധത്തിന് പിന്നില്‍ രാഷ്ട്രീയ വിവാദങ്ങൾ കൂടിയിട്ടുണ്ട്. പ്രതിഷേധത്തിന് പിന്നില്‍ പ്രതിഷേധകര്‍ പ്രതിഷേധത്തിന് പ്രധാന കാരണം എസ്ഐആറിന്റെ പ്രവർത്തനങ്ങളായിരുന്നു.